Sebagian sel berdiameter antara 1 – 100 mikrometer (µm), dengan berkisar antara 1 – 1.000 µm3. Sel hewan berdiameter sekitar 20 µm, sel tumbuhan berdiameter 40 µm, sel Amoeba 90 – 800 µm, dan sel alga yang besar berdiameter 50.000 µm (50 mm). Ukuran sel yang kecil tersebut menyebabkan sel sulit diamati dengan mata telanjang. Oleh karena itu, digunakan mikroskop untuk mengamati sel. Mikroskop yang biasanya digunakan di laboratorium sekolah adalah mikroskop cahaya (light microscoper, LM).
Pada mikroskop cahaya, cahaya dilewatkan melalui spesimen menembus lensa kaca. Lensa kaca merefraksi (membelokan) cahaya, kemudian banyangan spesimen diperbesar dan diproyeksikan ke mata. Pengamatan struktur subseluler atau tingkat organel yang berada di dalam sel, sel tidak dapat diamati menggunakan mikroskop elektron (electron microscope, Em). Mikroskop elektron memfokuskan berkas elektron melalui spesimen. Berkas elektron memiliki panjang gelombang yang jauh lebih pendek dari panjang gelombang cahaya yang tampak.
Resolusi (penguraian) mikroskop elektron kira-kira 0,1 nanometer (nm) atau ratusan kali lipat lebih kecil dibandingkan dengan mikroskop cahaya. Mikroskop elektron baik sekali digunakan untuk mengkaji spesimen sel mati, sedangkan mikroskop cahaya lebih cocok dipergunakan untuk mengkaji spesimen sel-sel hidup.
