Manfaat Protozoa:

• Protozoa dan alga juga sebagai penyumbang biomassa tanah pada pertanaman padi sawah. Peranan penting lain dari protozoa and algae adalah sebagai bioindikator perubahan lingkungan (Ainin, 2008).
• Protozoa yang hidup di air tawar dan air laut merupakan zooplankton yang merupakan makanan insekta air, udang, dan ikan kecil-kecil. Zooplankton merupakan salah satu sumber makanan bagi hewan-hewan air, termasuk ikan. Sehingga protozoa menguntungkan manusia. Sebab ikan makan protozoa dan manusia makan ikan (Anam, 2010).
• Entamoeba coli di dalam usus besar mamalia ikut berperan dalam proses pembusukan sisa makanan.
• Paramecium dapat juga digunakan sebagai organisme indikator terjadinya pencemaran air oleh zat organik.