Sebagian besar pencernaan dan penyerapan makanan terjadi di usus kecil. Usus halus adalah saluran sempit, memutar yang menempati sebagian besar perut bagian bawah antara perut dan awal usus besar. Panjangnya sekitar 20 kaki. Usus kecil terdiri dari tiga bagian: duodenum (bagian berbentuk C), jejunum (bagian tengah melingkar), dan ileum (bagian terakhir).

Usus halus memiliki dua fungsi penting.

• Proses pencernaan diselesaikan di sini oleh enzim dan zat lain yang dibuat oleh sel-sel usus, pankreas, dan hati. Kelenjar di dinding usus mengeluarkan enzim yang memecah pati dan gula. Pankreas mengeluarkan enzim ke dalam usus kecil yang membantu memecah karbohidrat, lemak, dan protein. Hati menghasilkan empedu, yang disimpan di kantong empedu. Empedu membantu membuat molekul lemak (yang jika tidak tidak larut dalam air) larut, sehingga mereka dapat diserap oleh tubuh.
• Usus kecil menyerap nutrisi dari proses pencernaan. Dinding bagian dalam usus kecil ditutupi oleh jutaan proyeksi seperti jari kecil yang disebut vili. Vili ditutupi dengan juluran lebih kecil yang disebut mikrovili. Kombinasi vili dan mikrovili meningkatkan luas permukaan usus halus, sehingga memungkinkan penyerapan nutrisi. Materi yang tidak tercerna berjalan menuju usus besar.