Protein prion (PrP) yang ditemukan dalam tubuh kita dan mereka yang menyebabkan penyakit berbeda secara struktural. Beberapa dari mereka bahkan tahan terhadap protease (enzim yang menurunkan protein). Kita akan melihat kedua isoform.

PrPC – Protein ini ditemukan di membran sel. Mereka diyakini memainkan peran penting dalam pensinyalan dan adhesi sel. Namun, penelitian sedang berlangsung karena masalah yang terkait dengan fungsinya belum terpecahkan.

PrPSc – Prion penyebab penyakit ini resistan terhadap protease. Ini mengubah PrPC dengan memengaruhi konformasinya. Perubahan struktur mengubah cara interaksi dan interkoneksi dengan protein! Struktur 3-D prion ini tidak diketahui, tetapi apa yang kita ketahui adalah bahwa mereka memiliki lebih banyak lembaran beta daripada struktur alfa-helik yang biasa. Prion ini juga membentuk serat amiloid yang sangat terstruktur. Ujung serat bertindak sebagai templat untuk dilekati protein bebas lainnya. Hanya prion yang serupa dengan asam amino yang sama yang dapat mengikat! Ikatan lintas spesies sangat jarang, tetapi itu mungkin.