Ada sekitar rata-rata 2.000 kompleks pori nukleus (NPC), dalam selubung inti sel vertebrata, tetapi bervariasi tergantung pada jenis sel dan tahap dalam siklus hidup. Protein yang membentuk kompleks pori inti dikenal sebagai nucleoporins. Setiap NPC mengandung setidaknya 456 molekul protein individual dan terdiri dari 30 protein yang berbeda (nucleoporins).

Kompleks pori inti memungkinkan pengangkutan molekul pada selubung nukleus. Transportasi ini termasuk protein RNA dan ribosom yang bergerak dari nukleus ke sitoplasma dan protein (seperti DNA polimerase dan lamins), karbohidrat, molekul sinyal dan lipid yang pindah ke nukleus.

Perlu dicatat bahwa kompleks pori inti (NPC) dapat secara aktif melakukan translokasi 1000 per kompleks per detik. Meskipun molekul yang lebih kecil hanya menyebar melalui pori-pori, molekul yang lebih besar dapat dikenali oleh urutan sinyal tertentu dan kemudian akan disebarkan dengan bantuan nucleoporin masuk atau keluar dari inti. Hal ini tidak secara langsung membutuhkan energi, tapi tergantung pada konsentrasi gradien yang terkait dengan siklus RAN.

Pusat pori-pori sering muncul mengandung struktur seperti sumbat. Hal ini belum diketahui apakah ini sesuai dengan sebenarnya atau hanyalah muatan yang tertangkap selama perjalanan.

Skema selubung nukleus. Membran luar inti (onm) dan membran inti bagian dalam (INM) membentuk sistem double-membran yang memisahkan isi inti dari sitoplasma. Kompleks pori inti menjembatani sistem ini dan pertukaran nucleocytoplasmic diatur makromolekul.

Partikel kecil (<~ 40 kDa) mampu melewati kompleks pori inti oleh difusi pasif. Partikel yang lebih besar juga mampu melewati pori dengan diameter besar tetapi pada tingkat yang hampir diabaikan.