Sultan agung wafat pada tahun 1645 dan digantikan oleh amangkurat I (1645-1667). Amangkarat I merupakan seorang raja yang lemah dan bertindak sewenang-wenang terhadap rakyatnya, serta menjalin hubungan baik dengan VOC.

Pada tahun 1674, muncul perlawanan yang dipimpin oleh Trunojoyo dengan menyerang wilayah Gresik. Dalam waktu yang relatif yang singkat, pasukan Trunojoyo berhasil menguasai beberapa wilayah di Jawa Timur dan Jawa Tengah.

Selain itu pasukan Trunojoyo juga berhasil menyerbu dan menduduki ibu kota Mataram, yaitu Plered. Namun, Amangkurat I bersama dengan putra mahkota berhasil melarikan diri dan meminta bantuan kepada VOC di Batavia. Dalam perjalanannya, Amangkurat I meninggal di Tegalarum.

Trunojoyo kemudian memusatkan pertahannya di kediri. Perlawanan Trunojoyo dibantu oleh Monte Merano, Karaeng Galengsung, Macan Wulung, dan Raden Kajoran.

Setelah Amangkurat I wafat, kemudian digantikan oleh putranya yang bernama Adipati Anom dengan gelar Amangkurat II. Adipati Anom melanjutkan tugas ayahnya untuk menumpas perlawanan yang dilakukan oleh Trunojoyo. Untuk menumpas perlawanan Trunojoyo, Amangkurat II meminta bantuan VOC. Pasukan VOC yang dipimpin oleh Anthonie Hurdt, Kapten Jonker, dan tentara Mataram menyerang kediri. Dalam pertempuran tersebut pasukan Trunojoyo dapat dikalahkan, namun Trunojoyo berhasil melarikan diri ke Gunung Kelud. Akhirnya Trunojoyo dapat ditangkap pada tanggal 25 Desember 1679. Sejak saat itu, Mataram berada dalam pengaruh VOC.