Pada masa demokrasi terpimpin banyak terjadi penyimpangan sebagai berikut :
1. Prosedur pembentukan DPR-GR dan MPRS yang menyalahi aturan. Seharusnya DPR-GR dan MPRS dipilih melalui pemilu yang dilaksanakan dengan undang-undang. Namun, undang-undang yang ada dirancang oleh presiden dengan persetujuan DPR.

2. Menurut UUD 1945, DPR bersama presiden membuat undang-undang dan menetapkan Rencana Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (RAPBN). Namun, pada kenyataanya DPR hasil pemilu dibubarkan oleh presiden.

3. Menurut UUD 1945, kedudukan MPR berada di atas presiden dan kedudukan lembaga-lembaga tinggi yang lain adalah sejajar dengan presiden. Namun, kedudukan MPR disejajarkan dengan para menteri yang berarti bahwa MPR adalah pembantu presiden.

4. Membentuk Front Nasional dan Musyawarah Pembantu Pimpinan Revolusi. Kedua lembaga ini tidak ada dalam UUD 1945

5. Pengangkatan Presiden seumur hidup, hal ini merupakan penyimpangan terhadap UUD 1945. Menurut pasal 7 UUD 1945 dinyatakan bahwa presiden memegang jabatan selama 5 tahun dan sesudahnya dapat dipilih kembali.

6. Politik luar negeri indonesia lebih condong ke Blok Timur yang berhaluan komunis. Hal ini bertentangan dengan politik luar negeri indonesia yang bebas aktif.