Makhluk hidup awalnya diklasifikasikan sebagai tumbuhan atau hewan. Meskipun hewan dan tumbuhan bersifat eukariotik, mereka dibedakan berdasarkan karakteristik definisinya, mis. dalam hal motilitas, cara mendapatkan nutrisi, dan fitur seluler. Hewan, pada dasarnya, adalah makhluk hidup yang motil dan heterotrofik sedangkan tumbuhan adalah mereka yang tidak motil, fotosintesis, dan memiliki dinding sel. Namun, bakteri dan archaea bukan tumbuhan atau hewan terutama karena mereka adalah prokariota (yaitu kurang organel sitoplasma yang terikat membran, termasuk nukleus).
Adapun perbedaan antara bakteri dan archaea, salah satu perbedaan mereka terletak pada RNA polimerase. Di archaea, ia memiliki sepuluh subunit. Pada bakteri, ia memiliki empat. Contoh lain adalah komposisi dinding sel. Dinding sel archaea kekurangan peptidoglikan sedangkan dinding sel bakteri memiliki.
Saat ini, taksonomi biologis modern mensyaratkan klasifikasi makhluk hidup ke dalam tiga domain: (1) domain Eukarya, (2) domain Bakteri, dan (3) domain Archaea. Domain biologis adalah peringkat organisme taksonomi tertinggi menurut 3-domain sistem taksonomi Carl Woese. Di bawah domain adalah tujuh peringkat taksonomi utama. Dalam urutan menurun, mereka adalah sebagai berikut:
Domain »Kingdom» Filum »Kelas» Ordo »Famili» Genus »Spesies
Domain Eukarya mencakup semua makhluk hidup yang eukariotik. Ini termasuk hewan, tumbuhan, jamur, ganggang, dan protista. Mereka memiliki organel yang terikat membran di dalam sel mereka.
Kehidupan non-seluler
Apakah virus itu makhluk hidup? Pertanyaan ini telah memicu perdebatan besar di antara para ahli biologi begitu lama. Beberapa akan menganggap virus sebagai makhluk hidup karena mereka tampak hidup ketika mereka berada di dalam inang mereka. Mereka memiliki bahan genetik, mereplikasi diri mereka sendiri, dan berkembang melalui seleksi alam. Namun, yang lain tidak menganggap mereka sebagai makhluk hidup karena mereka pada dasarnya mati ketika berada di luar tuan rumah.
Virus tidak dapat bereproduksi secara independen. Mereka mengandalkan mesin sel inang untuk melakukannya. Dengan demikian, virus tidak sepenuhnya hidup atau tidak hidup. Ketika di luar host mereka, virus tidak aktif dan tampaknya mati. Ketika di dalam inang mereka, mereka menjadi aktif, mampu memanfaatkan struktur sel inang dan mereplikasi.
Viroid adalah kelompok lain yang tampaknya merupakan kehidupan non-seluler. Mereka adalah untaian pendek yang bersifat menular dan patogenik dari RNA sirkuler tunggal.
