Fungsi dari sistem imunitas atau kekebalan tubuh adalah untuk mempertahankan tubuh terhadap organisme menular dan penyusup lainnya. Hal ini terjadi terutama melalui tindakan sel darah putih. Fagosit menghancurkan sel-sel non-pribumi dan organisme, sedangkan limfosit belajar dari infeksi dan memungkinkan tubuh untuk melawan infeksi berulang lebih mudah.
Imunisasi menggunakan limfosit untuk meningkatkan pertahanan tubuh terhadap penyakit dengan melatih sel-sel untuk menargetkan sel menular lemah atau mati. Banyak gejala penyakit yang penderita mengasosiasikan dengan virus tertentu atau infeksi bakteri, pada kenyataannya, sistem kekebalan tubuh sendiri mencoba untuk membersihkan sistem dari penyusup.
Sebagai contoh, ketika tubuh mendeteksi rhinovirus flu, memicu membran untuk menghasilkan kelebihan lendir untuk mencegah penyusup lebih lanjut dan untuk membersihkan mereka yang sudah dalam tubuh. Peningkatan suhu tubuh membantu untuk merusak serangan mikroorganisme, dan respon batuk meningkat membantu untuk membersihkan paru-paru. Bahkan gejala diare adalah respon imun, upaya untuk menghilangkan kontaminan potensial dari sistem pencernaan.
Sistem kekebalan tubuh juga dapat menjadi penghalang, dalam beberapa kasus. Beberapa penyakit dan alergi disebabkan oleh sistem kekebalan tubuh yang terlalu aktif, menargetkan sel-sel tubuh sendiri atau penyusup yang relatif tidak berbahaya bukan patogen potensial. Rheumatoid arthritis, misalnya, disebabkan oleh sistem kekebalan tubuh menargetkan sendi dan menyebabkan kerusakan.
