Adapun dampak positif Bioteknologi antara lain yakni :
1. Pada bidang pertanian, dengan menggunakan peralatan yang semakin modern serta pupuk dengan kualitas yang lebih baik, memberikan kemudahan pengerjaan sawah bagi para petani dengan hasil panen yang lebih baik dan labih banyak. Dimana yang sebelumnya hanya menggunakan bajak dengan bantuan hewan (seperti sapi, kerbau) untuk membajak sawahnya, kini petani semakin dimudahkan dengan adanya traktor untuk membajak sawah serta penggunaan pupuk yang memberikan kesuburan pada tanaman dan terhindar dari hama tanaman. Namun, dengan penggunaan pupuk mengakibatkan kerusakan pada lingkungan karena pupuk yang digunakan mengandung bahan-bahan kimia yang dapat merusak lingkungan.
2. Keanekaragaman hayati merupakan modal utama sumber gen untuk keperluan rekayasa genetik dalam perkembangan dan perkembangan industri bioteknologi. Baik donor maupun penerima (resipien) gen dapat terdiri atas virus, bakteri, jamur, lumut, tumbuhan, hewan, juga manusia. Pemilihan donor / resipien gen bergantung pada jenis produk yang dikehendaki dan nilai ekonomis suatu produk yang dapat dikembangkan menjadi komoditis bisnis. Oleh karena itu, kegiatan bioteknologi dengan menggunakan rekayasa genetik menjadi tidak terbatas dan membutuhkan suatu kajian sains baru yang mendasar dan sistematik yang berhubungan dengan kepentingan dan kebutuhan manusi ; Kegiatan tersebut disebut sebagai bioprespecting. Perdebatan tentang positif untuk mengatasi dampak negatif yang dapat ditimbulkan bioteknologi, antara lain pada tahun 1992 telah disepakati konvensi keanekaragaman Hayati, ( Convetion on Biological Diversity )yang mengikat secara hukum bagi negara-negara yang ikut mendatanginnya.
Adapun dampak negatif perkembangan bioteknologi antara lain yakni
1. Penggunaan pupuk mengakibatkan kerusakan pada lingkungan karena pupuk yang digunakan mengandung bahan-bahan kimia yang dapat merusak lingkungan.
2. Penggunaan peralatan modern membutuhkan keahlian khusus atau terdidik sehingga penggunaan alat ini terbatas.
3. Di bidang kesehatan manusia terdapat kemungkinan produk gen asaing, seperti, gen cry dari bacillus thuringiensis maupun bacillus sphaeericus, dapat menimbulkan reaksi alergi pada tubuh mausia, perlu di cermati pula bahwa insersi ( penyisipan ) gen asibg ke genom inang dapat menimbulkan interaksi antar gen asing dan inang produk bahan pertanian dan kimia yang menggunakan bioteknologi.Dampak lain yang dapat ditimbulkan oleh bioteknologi adalah persaingan internasional dalam perdagangan dan pemasaran produk bioteknologi. Persaingan tersebut dapat menimbulkan ketidakadilan bagi negara berkembang karena belum memiliki teknologi yang maju, Kesenjangan teknologi yang sangat jauh tersebut disebabkan karena bioteknologi modern sangat mahal sehingga sulit dikembangkan oleh negara berkembang.
