Secara umum, empat filum yang didasarkan terutama pada organel penggerak, yaitu, sarana molalitas telah dikenali pada masa-masa awal untuk tujuan klasifikasi protozoa. Filum ini adalah: flagellata Mastigophora), Rhizopoda atau Sarcodina (pseudopodiates), Ciliophora (ciliata), dan Sporozoa (sporeformer).
Mastigophora (Flagellata):
Filum ini terdiri dari flagellat protozoa (beberapa menghasilkan pseudopodia selain flagella) yang banyak di antaranya mirip tanaman, contoh protozoa ini: dinoflagellata, euglenoid, dan beberapa bentuk alga lainnya, dan yang lain seperti binatang (zooflagellata).
Protista ini umumnya dianggap sebagai protozoa yang paling primitif. Zooflagellata yang sekarang ada sebagian besar hidup bebas dan fagotrofik, dan mereka umumnya menyerupai protista alga flagellata yang tidak berwarna.
Zooflagellata yang hidup bebas tidak diragukan lagi memunculkan banyak bentuk simbiosis. Mereka sangat khusus dan disesuaikan dengan inang tertentu.
Sebagai contoh protozoa, Trichonympha, simbion pencerna kayu yang hidup di usus rayap; Trichomonas, komensal dalam usus manusia dan vertebrata lainnya; Trypanosoma, spesies berbeda yang hidup secara parasit dalam darah berbagai vertebrata dan ditransmisikan dari inang melalui serangga; dan Astasia.
Rhizopoda (Amoeboid Protozoa):
Protista ini, juga disebut Sarcodina, memiliki penggerak amoeboid umumnya oleh pseudopodia, meskipun beberapa mungkin memiliki flagela. Diperkirakan kemungkinan nenek moyang mereka mungkin termasuk zooflagellata yang hidup bebas dan kelompok alga seperti Chrysophyta dan Dinophyceae. Karena protozoa ini umumnya digerakkan oleh pseudopodia (“kaki palsu”), maka kontur tubuhnya terus berubah.
Sebagian besar rhizopoda hidup bebas, sedangkan beberapa bersifat parasit. Amoeba adalah perwakilan tipikal dari kelas ini. Entamoeba histolytica, organisme penyebab disentry amuba pada manusia adalah contoh rhizopod parasit.
Beberapa rhizopoda mengembangkan penutup pelindung, yang disebut ‘cangkang’, terdiri dari kalsium karbonat. Banyak deposit ‘kapur’ di alam dikatakan disebabkan oleh pengendapan kerang ini. Arcella, Foraminiferans adalah contoh lain.
Ciliophora (Ciliata Protozoa):
Ini tidak diragukan lagi yang paling maju dan secara struktural, prototo protozoa kompleks. Kelas besar ini terdiri dari protozoa fagotrofik akuatik yang ditandai dengan adanya struktur pendek seperti rambut yang disebut silia, organ penggerak. Silia berasal dari kinetosom yang merupakan komponen dari sistem kompleks fibril konduktivitas intraseluler.
Semua Ciliata juga secara unik ditandai dengan kepemilikan dua jenis inti, ‘mikronukleus’ kecil yang berfungsi terutama dalam proses seksual, dan ‘makronukleus’ besar yang mengontrol metabolisme, pengembangan, dan semua proses seluler lainnya.
Paramecium adalah contoh prozoa tipikal dari kelas ini sedangkan Tetrahymena adalah salah satu ciliata yang paling sederhana. Ada contoh lain seperti Stentor, Vorticella, dll., Dari filum ini yang menghuni air tawar.
Sporozoa (Protozoa pembentuk spora):
Kelas ini termasuk protista parasit Protozoa, yang umumnya tidak bernoda, mengembangkan spora, dan bereproduksi dengan pembelahan biner. Plasmodium tidak diragukan lagi adalah contoh protozoa genus sporozoan yang paling dikenal.
Empat spesies Plasmodium, yaitu, P. vivax, P. malariae, P. falciparum, dan P. ovale, adalah contoh protozoa penyebab penyakit pada manusia (malaria); nyamuk Anapheles betina adalah inang perantara spesifik protozoa dan mentransfer yang terakhir, patogen, ke manusia. Contoh lain adalah Leishmania yang menyebabkan penyakit lishmaniasis pada manusia.
