Bakteri anaerob fakultatif yang mampu baik respirasi aerobik dan fermentasi atau respirasi anaerobik. Banyak organisme selain bakteri anaerob fakultatif dan mencakup beberapa jamur dan cacing polychaete.

Bakteri anaerob fakultatif dapat tinggal dimana-mana dan umumnya berada di tanah, air dan organisme. Tidak semua spesies menyebabkan penyakit tetapi sebagian merupakan bagian dari flora normal usus pada hewan. Beberapa spesies, seperti E. coli, sering tidak berbahaya.

Enterobacteriaceae adalah keluarga yang berisi bakteri salmonella yang ada pada makanan dan E. coli, bersama dengan banyak kelompok lain dari patogen berbahaya. Spesies Vibrionaceae termasuk vibrio cholera, menyebarkan penyakit mematikan melalui kotoran dan makanan yang terkontaminasi.

Spesies ini menyebabkan sejumlah besar air yang akan dilepaskan ke usus, yang menyebabkan dehidrasi dengan cepat. Vibrionaceae juga termasuk Photobacterium adalah kelompok bakteri yang menghasilkan cahaya dan dapat ditemukan pada organ penghasil cahaya dari beberapa ikan laut. Pasteurellaceae termasuk spesies pastuerella, yang umumnya patogen pada hewan peliharaan, serta Haemophilus, yang umumnya tinggal pada saluran pernapasan bagian atas dan memerlukan komponen dari hemoglobin untuk bertahan hidup.