Secara Morfologis karakteristik archaebacteria dan Eubacteria berbeda dalam beberapa aspek utama. Sementara sebagian besar anggota kedua kelompok memiliki dinding sel, membran sel mereka secara kimiawi berbeda, seperti bahan penyusun kimia mereka secara keseluruhan. Meskipun tidak ada perbedaan keras dan cepat antara peran yang diisi oleh dua jenis bakteri, yang paling banyak archaebacteria hidup di lingkungan yang sangat tidak bersahabat, seperti perairan yang sangat asin atau mata air belerang yang panas. Beberapa Eubacteria juga hidup di lingkungan yang keras ini, tetapi yang lain mendiami lokasi mulai dari permukaan tanah sampai pada usus rayap.

Kingdom monera dalam taksonomi terdiri dari dua kelompok filogenetis yang berbeda: Eubacteria dan archaebacteria. Seperti yang terlihat pada artikel sebelumnya Eubacteria dan archaebacteria secara genetik berbeda satu sama lain karena mereka berasal dari eukariota (organisme dengan membran nuklir: protista, tumbuhan, hewan (invertebrata dan vertebrata) dan jamur).

Archaebacteria

Jenis Archaebacteria ada tiga yaitu Archaebacteria Ekstrem Termofil (contohnya genus sulfolobus dan pyrolobus fumarif). Archaebacteria Ekstrem Halofil (contonya Halobacterium holobium) dan Archaebacteria Metanogen (contohnya Lachnospira multiparus). Karakteristik Archaebacteria antara lain :

1. Sel Penyusun tubuhnya bertipe prokariotik
2. Memiliki RNA polimerase yang sederhana
3. Dinding sel bukan dari peptidoglikan
4. Tidak memiliki membran nukleus dan tidak memiliki organel sel
5. ARNt-nya berupa metionin
6. Sensitif terhadap toksin dipteri

Eubacteria

Eubacteria disebut juga bakteri sejati, bersifat prokariotik. Karakteristik Eubacteria  antara lain :

1. Memiliki dinding sel yang mengandung peptidoglikan
2. Telah mempunyai organel sel berupa ribosom yang mengandung satu jenis ARN polimerase
3. Membran plasmanya mengandung lipid dan ikatan ester
4. Sel bakteri meiliki kemampuan untuk mensekresikan lendir
5. Stoplasma bakteri terdiri dari protein, karbohidrat, lemak, ion organik, kromatopora, ribosom dan asam nukleat sebagai penyusun RNA dan DNA.

Meskipun sangat kecil (kebanyakan bakteri secara signifikan lebih kecil dari sel-sel eukariotik), bakteri mengisi beberapa peran penting di alam. Kita yang paling akrab dengan bakteri sebagai penyebab penyakit dari radang tenggorokan sampai penyakit pes. Namun, relatif sedikit bakteri penyebab penyakit. Kebanyakan bermanfaat bagi organisme lain. Beberapa bakteri adalah fotoautotrof, memproduksi makanan dari bahan anorganik dan cahaya.

Dalam beberapa kasus, fotoautotrof tertentu memiliki kemampuan ekologis penting untuk memperbaiki nitrogen dari atmosfer, membuatnya tersedia untuk akar tanaman. Bakteri lainnya adalah saprofit, memecah bahan organik mati. Yang lain hidup bersimbiosis dalam saluran pencernaan organisme lain dan membantu dalam pencernaan bahan makanan yang beragam.

Struktur dan siklus reproduksi dari Monera relatif sederhana dibandingkan dengan mereka kelompok eukariota. Mereka tidak memiliki inti yang berbeda dan organel kompleks. Struktur khusus, seperti mesin fotosintesis, mengambil bentuk membran internal. Materi genetik Monera juga relatif sederhana. Mereka memiliki kromosom dan plasmid prokariotik kecil dan bukan kromosom kompleks yang ditemukan pada eukariota. Kebanyakan Monera berkembang biak dengan pembelahan biner.