Fungsi retikulum endoplasma kasar yang penting adalah tempat sintesis protein, sedangkan RE halus menjalankan perannya dalam proses metabolisme seperti pemrosesan karbohidrat, sintesis lipid. Banyak jenis sel yang mengeluarkan protein yang diproduksi oleh ribosom melekat pada retikulum endoplasma kasar. Sebagai contoh, sel-sel pankreas tertentu mampu memproses protein insulin di RE dan mengeluarkan hormon ini ke dalam aliran darah.

Ketika rantai polepetida tumbuh dari ribosom, ia akan dilepaskan ke dalam lumen retikulum endoplasma melalui pori-pori pori dalam membran RE. Saat memasuki lumen retikulum endoplasma kasar, protein akan berubah menjadi bentuk aslinya. Beberapa protein yang dikeluarkan adalah glikoprotein. Itu adalah protein yang mengikat karbohidrat secara kovalen. Dalam proses pengikatan dilakukan di RE dan dibantu oleh molekul khusus.

Jika sekresi protein selesai maka membran RE bertugas menjaga protein yang akan melepaskan protein yang dihasilkan oleh ribosom sebelumnya, maka protein akan bebas dan akan tetap dalam sitosol. Tahap selanjutnya dari protein bergerak menjauh dari RE dalam keadaan ventilasi oleh vesikel, vesikel memiliki bentuk seperti gelembung yang merupakan titik fokus dari area RE khusus (RE transisi). Vesikel kemudian pindah ke sel lain yang disebut transport vesikel.

Dari segi fungsi Retikulum endoplasma halus menjalankan perannya dalam proses metabolisme seperti pemrosesan karbohidrat, sintesis lipit dan detoktifikasi obat dan racun. Enzim enzim dalam RE ini akan digunakan dalam sintesis lipid seperti minyak, fosfolipid, steroid. Hormon seks vertebrata dan berbagai hormon steroid yang dikeluarkan dari kelenjar adrenal adalah hasil sintesis steroid dari RE halus.

Sel-sel yang mensintesis hormon-hormon ini mensekresikan dalam organ testis dan ovarium sehingga di dalam organ kaya akan Retikulum endoplasma halus  yang baik. Dalam hal melindungi dan mendetoksifikasi racun dan obat-obatan juga dilakukan oleh berbagai enzim lain, ini dapat dilihat pada organ vital (hati). Dalam melakukan proses detoktifikasi biasanya memerlukan keterlibatan penambahan gugus hidroksil pada obat-obatan sehingga molekul-molekulnya mudah larut dalam tubuh dan akan mudah dikeluarkan bersama dengan urin.

Contoh obat yang biasanya diobati (secara metabolik) dengan Retikulum endoplasma halus  halus adalah obat-obatan seperti obat penenang, fenobarbital dan berbagai barbiturat. Faktanya, barbiturat, alkohol, dan banyak obat oabtan lain yang menyebabkan perbanyakan RE halus dan enzim detoksifikasi akan menyebabkan peningkatan laju detoksifikasi. Hal ini membuat laju pembubaran obat lebih cepat menghasilkan penambahan dosis yang lebih tinggi untuk mencapai efek tertentu seperti menenangkan seseorang dengan menggunakan obat.

Secara umum fungsi Retikulum endoplasma adalah:

1. Retikulum endoplasma memberikan dukungan mekanis ke sitoplasma.
2. Ini memiliki peran penting dalam transportasi intraseluler dan penyimpanan protein dan terkadang lipid.
3. Ini mensintesis lipid dan lipoprotein.
4. Retikulum endoplasma halus terlibat dalam glikogenolisis.
5. Ini membentuk organel seluler lainnya seperti badan Golgi, perokisom, dan glioksisom.
6. Ini menciptakan selubung nukleus pada akhir tahap telofase dari pembelahan sel.