Ilustrasi berikut dari bass largemouth menunjukkan beberapa fitur internal umum yang digunakan untuk menggambarkan perbedaan antara ikan yang dijelaskan secara lebih rinci di bawah ini.

Di bawah ini adalah deskripsi dari beberapa organ yang diidentifikasi pada diagram di atas, beserta fungsinya. Sejumlah organ vital lainnya, seperti limpa dan pankreas, mungkin juga ada tetapi lebih kecil dan lebih sulit ditemukan.

Tulang belakang:

Adalah kerangka struktural utama di mana tubuh ikan dibangun; terhubung ke tengkorak di bagian depan ikan dan ke ekor di bagian belakang. Tulang belakang terdiri dari banyak ruas tulang belakang, yang berlubang dan fungsinya menampung serta melindungi sumsum tulang belakang yang halus.

Saraf tulang belakang:

Fungsinya menghubungkan otak ke seluruh tubuh dan menyampaikan informasi sensorik dari tubuh ke otak, serta instruksi dari otak ke seluruh tubuh.

Otak:

Pusat kontrol ikan, di mana kedua fungsi otomatis (seperti respirasi) dan perilaku yang lebih tinggi terjadi. Semua informasi sensorik diproses di sini.

Garis Lateral:

Salah satu organ indera utama ikan; mendeteksi getaran bawah air dan mampu menentukan arah sumbernya.

Kandung Kemih:

Organ keseimbangan berongga dan berisi gas yang memungkinkan seekor ikan menghemat energi dengan mempertahankan daya apung netral (suspensi) di dalam air. Ikan yang ditangkap dari air yang sangat dalam kadang-kadang harus memiliki udara yang dilepaskan dari kantung renang mereka sebelum mereka dapat dilepaskan dan kembali ke air yang dalam, karena perbedaan tekanan atmosfer di permukaan air. (Kebanyakan pemancing air tawar tidak perlu khawatir dengan hal ini!) Spesies ikan yang tidak memiliki kantung renang tenggelam ke dasar jika mereka berhenti berenang.

Insang:

Fungsinya agar ikan dapat bernapas di bawah air. Ini adalah struktur yang sangat halus dan tidak boleh disentuh jika ikan akan dilepaskan!

Ginjal:

Fungsinya menyaring bahan limbah cair dari darah; limbah ini kemudian dikeluarkan dari tubuh. Ginjal juga sangat penting dalam mengatur konsentrasi air dan garam dalam tubuh ikan, memungkinkan spesies ikan tertentu ada di air tawar atau air asin, dan dalam beberapa kasus (seperti ular atau tarpon) keduanya.

Perut dan Usus:

Memecah (mencerna) makanan dan menyerap nutrisi. Ikan seperti kakap yang bersifat piscivora (makan ikan lain) memiliki usus yang cukup pendek karena makanan tersebut mudah diuraikan dan dicerna secara kimia. Ikan seperti nila yang bersifat herbivora (memakan tumbuhan) membutuhkan usus yang lebih panjang karena materi tanaman biasanya keras dan berserat dan lebih sulit dipecah menjadi komponen yang dapat digunakan. Banyak hal tentang kebiasaan makan ikan dapat ditentukan dengan memeriksa isi lambung.

Pilorus:

Organ dengan juluran seperti jari ini terletak di dekat persimpangan lambung dan usus. Fungsinya tidak sepenuhnya dipahami, tetapi diketahui untuk mengeluarkan enzim yang membantu pencernaan, dapat berfungsi untuk menyerap makanan yang dicerna, atau melakukan keduanya.

Lubang urogenital:

Tempat pembuangan limbah dari tubuh ikan. Ini juga merupakan jalan masuk ke saluran genital tempat telur atau sperma dilepaskan.

Hati:

Organ penting ini memiliki sejumlah fungsi. Hati ikan membantu pencernaan dengan mengeluarkan enzim yang memecah lemak, dan juga berfungsi sebagai tempat penyimpanan lemak dan karbohidrat. Hati juga penting dalam penghancuran sel darah tua dan dalam menjaga kimia darah yang tepat, serta memainkan peran dalam ekskresi nitrogen (limbah).

Jantung:

Mengedarkan darah ke seluruh tubuh. Oksigen dan nutrisi yang dicerna dikirim ke sel-sel berbagai organ melalui darah, dan darah mengangkut produk limbah dari sel ke ginjal dan hati untuk dieliminasi.

Gonad (Organ Reproduksi):

Pada ikan kakap betina dewasa, massa oranye terang telur tidak salah lagi selama musim bertelur, tetapi biasanya masih dapat diidentifikasi pada waktu lain dalam setahun. Organ jantan, yang menghasilkan milt untuk membuahi telur, jauh lebih kecil dan putih tetapi ditemukan di lokasi umum yang sama. Telur dari ikan tertentu dianggap sebagai makanan lezat, seperti dalam kasus kaviar dari sturgeon.

Otot:

Untuk membantu gerakan dan penggerak. Ini adalah bagian dari ikan yang biasanya dimakan, dan menyusun fillet ikan.